La vicenda trae origine dall'installazione nell'anno 2011 di un impianto fotovoltaico da parte società di scopo, che nell'annualità non si è avvalsa della detassazione ambientale e ha quindi presentato in data 14 settembre 2015 dichiarazione integrativa per l'anno 2013, inserendo le perdite riferite all'anno 2011 non inserite nella dichiarazione di quell'annualità, giustificando tale condotta con il fatto che vi fosse una obiettiva incertezza interpretativa sulla Tremonti Ambientale.
L'Agenzia delle Entrate di Milano, liquidando la dichiarazione integrativa, ha operato la ripresa a tassazione delle perdite indicate nella dichiarazione stessa, dal momento che nelle dichiarazioni precedenti non era mai stata esposta alcuna perdita, emettendo cartella di pagamento ex art. 36 bis DPR 600/1973.
La società di scopo proponeva ricorso avverso la cartella di pagamento emessa in materia IRES per l'anno 2013, denunciando l'illegittimo impiego da parte dell'Ufficio dello strumento ex art. 36 bis DPR 600 del 1973, tenuto conto che avrebbe dovuto invece adottare lo strumento dell'avviso di accertamento, poichè non si trattava di mero controllo cartolare: dalle eccezioni mosse dall'Ufficio nell'atto di controdeduzioni appariva evidente che, nel caso di specie non si trattasse di un mero controllo cartolare ma di un controllo sostanziale tanto è vero che l'Ufficio non aveva contestato un errato riporto di perdite, ma che non fosse possibile adottare lo strumento della circolare 31/E/2013 per andare a rettificare con dichiarazione integrativa di sintesi i risultati del 2011. Tale aspetto, comportando dubbi rilevanti sulla dichiarazione, avrebbe imposto da un lato l'instaurazione di un contraddittorio con la contribuente e dall'altra l'emissione di un motivato avviso di accertamento.
La CTP Milano con sentenza del settembre 2018, ha respinto il ricorso, ritenendo infondata l'eccezione circa l'asserita illegittimità del ricorso, da parte dell'Ufficio, allo strumento di cui all'art. 36 bis DPR 600/1973. Per la CTP l'Amministrazione Finanziaria non ha disconosciuto i presupposti relativi alle componenti negativi riprese a tassazione, ma ha semplicemente effettuato un controllo cartolare, dal quale è emerso per tabulas che nella dichiarazione dell'anno 2011, a cui si riferiscono le perdite in questione, le stesse non erano indicate.
La società appellava quindi la sentenza di primo grado.
Per i giudici della CTR "... invero, la procedura del controllo formale prevista dall'art. 36 bis d.P.R. n.600/1973 non può essere utilizzata dall'Ufficio nel caso sussistano incertezze su aspetti rilevanti della dichiarazione. L'appellante non ha commesso nessun errore di calcolo nella redazione della propria dichiarazione dei redditi e non ricorre neppure il caso di aver dichiarato un debito d'imposta successivamente non versato. In proposito si richiama il contenuto del giudizio di legittimità per un caso simile fatto proprio dall'ordinanza della Corte di Cassazione ... allegata al ricorso introduttivo".
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